“We are not offering the test; we are offering the care”
Gert Matthijs
18. až 20. októbra 2023 som ako príjmateľ cestovného grantu zúčastnila kurzu na tému “Zabezpečenie kvality, interpretácia variantov a manažment dát v ére NGS diagnostiky” (Quality assurance, variant interpretation and data management in the NGS diagnostics era). bol to v poradí 5. kurz, organizovaný v rámci The European Joint Programme on Rare Diseases (EJP RD).
Európsky spoločný program pre zriedkavé choroby (EJP RD) združuje viac ako 130 inštitúcií vrátane všetkých 24 ERN (Európskych referenčných sietí) z 35 krajín: 26 členských štátov EÚ (Rakúsko, Belgicko, Bulharsko, Česká republika, Dánsko, Estónsko, Fínsko, Francúzsko, Nemecko, Grécko, Maďarsko, Chorvátsko, Írsko, Taliansko, Holandsko, Lotyšsko, Litva, Luxembursko, Malta, Poľsko, Portugalsko, Rumunsko, Španielsko, Švédsko, Slovensko, Slovinsko); 7 pridružených krajín (Arménsko, Gruzínsko, Izrael, Nórsko, Srbsko, Švajčiarsko, Turecko), ďalej Veľká Británia a Kanada. Cieľom projektu je vytvoriť komplexný, udržateľný ekosystém, ktorý by umožnil priaznivý kolobeh medzi výskumom, starostlivosťou a inováciami v oblasti medicíny.
Zriedkavé choroby (rare diseases, skrátene RD) sú najlepším príkladom oblasti výskumu, ktorá môže výrazne profitovať z koordinácie na európskej a medzinárodnej úrovni. Cieľom zlepšenia výskumu v oblasti RD je efektívne využívanie údajov a zdrojov, akcelerácia vedeckého pokroku a konkurencieschopnosti, vedúce k zníženiu prekážok a zmierneniu často dlhotrvajúceho utrpenia u pacientov so zriedkavými ochoreniami (Council Recommendation 2009/C 151/02 – dostupné na internete 31.10.2023 https://eur-lex.europa.eu/LexUriServ/LexUriServ.do?uri=OJ:C:2009:151:0007:0010:EN:PDF).
Prvý kurz v roku 2019 prebiehal v Belgicku (KU Leuven), následne prebehli tri ročníky online formou a teda aktuálny 5. ročník bol po 3-ročnej prestávke prezenčnou formou s pomerne limitovaným počtom účastníkov. Podujatia sa zúčastnili zástupcovia viacerí zástupcovia z Poľska či Rumunska, ďalej z Rakúska, Litvy, Nemecka, Cypru a samozrejme Slovenska. Na kurz som sa prihlásila na základe môjho záujmu o implementáciu genomických metód do klinickej praxe aj výskumu v oblasti zriedkavých. Túto bolasť pomerne intenzívne sledujem a informácie o podujatí aj možnosti uchádzať sa o cestovný grant som našla na stránke https://www.ejprarediseases.org/.
Usporiadateľom kurzu z Poľskej strany bola pani profesorka Krystyna H. Chrzanowska, prednostka Oddelenia lekárskej genetiky v najväčšej detskej nemocnici v Poľsku (The Children’s Memorial Health Institute https://nauka.czd.pl/en/). Prof. Chrzanowska bola blízkou spolupracovníčkou prof. Evy Seemanovej v téme Nimjegen breakage syndrómu (mimo iného popísala founder variant c.657_661del5 v géne NBN, ktorý predstavuje v poľskej, českej a ukrajinskej populácii takmer 100 % patogénnych variantov s frekvenciou prenášačov 1:155) [1]. Tématický bol kurz zameraný na kvalitatívne, právne aj etické aspekty genomických analýz, dôraz bol kladený na dôležitosť (reverznej) fenotypizácie aj komunikácie medzi jednotlivými pracoviskami. V týchto témach boli hlavnými prednášajúcimi prof. Gert Matthijs z Leuvenu (ktorý je koordinátorom tohto projektu a zároveň je spoluautorom viacerých medzinárodnych odporúčaní pre NGS [2,3,4]), prof. Saskia Wortmann zo Salzburgu, Steve Laurie a Leslie Matalonga z CNAG v Barcelone, prof. Holger Prokisch z TU v Mníchove, Erica Souche (Leuven) a ďalší.
Z kurzu som si do praktického života odniesla veľmi veľa. Dozvedela som sa o projekte Solve RD, ktorý je zameraný na diagnostiku u pacientov s neidentifikovanou genetickou príčinou ochorenia. Bola nám predstavená platforma GPAP (The RD‐Connect Genome‐Phenome Analysis Platform) vytvorená v rámci projektu https://platform.rd-connect.eu/#/, ktorá umožňuje veľmi užitočnú a efektívnu analýzu NGS dát na základe fenotypu s využitím HPO (Human Phenotype Ontology) termínov pomocou nástroja Exomiser. Aj keď samotná praktická časť bola pomerne stručná, zaujalo ma automatické prepojenie na online interpretačné nástroje ako je Varsome alebo Franklin. Taktiež je súčasťou tzv. Treatabolome, čiže liečiteľné ochorenia. Keďže hlavným prednášajúcim v praktickej časti bol Steven Laurie so španielskym tempom reči, udržal našu pozornosť aj v podvečerných hodinách.
Take home messages:
- choroby rzadkie = zriedkavé ochorenia
- exomiser je nástroj pre vyhodnocovanie potencionálne disease-causing variantov na základe HPO termínov
- klinický exóm na medzinárodnej úrovni neexistuje, s týmto pojmom som sa tam vôbec nestretla
- využitie NGS pri analýze mtDNA má svoje štandardy aj úskalia
- ako s nedostatočným zastúpením pracovísk v Európskych referenčných sieťach čelíme viacerým závažným výzvam v oblasti diagnostiky, manažmentu aj vzdelávania v oblasti zriedkavých ochorení.
- aj v dobe genomických analýz je dôležitý správny diagnosticky algoritmus a stále má miesto indikovanie cielených prvokrokových analýz podľa fenotypu pacienta
- ešte sme pár rokov od rutinného využívania long-read NGS analýz
- prepojenie akademických, klinických a genomických pracovísk prispieva ku kvalite genetickej diagnostiky
- po 4 dňoch v Poľsku prestávam mať rada kôpor😊
Z návštevy múzea Marie Curie Sklodowskej
[2] Souche E et al. Recommendations for whole genome sequencing in diagnostics for rare diseases. Eur J Hum Genet. 2022 Sep;30(9):1017-1021. doi: 10.1038/s41431-022-01113-x.
[3] Soto JL, et al. Consensus document on the implementation of next generation sequencing in the genetic diagnosis of hereditary cancer. Med Clin (Barc). 2018 Jul 23;151(2):80.e1-80.e10. doi: 10.1016/j.medcli.2017.12.010.
[4] Matthijs G, et al; EuroGentest; European Society of Human Genetics. Guidelines for diagnostic next-generation sequencing. Eur J Hum Genet. 2016 Jan;24(1):2-5. doi: 10.1038/ejhg.2015.226. Epub 2015 Oct 28.
03.11.2023 Mária Giertlová
